En la raíz, la estructura de carpetas es la siguiente:

Contiene los archivos propios de cada una de las aplicaciones.
Contiene los archivos javascript y css compilados por la extensión Assets.
Contiene todo tipo de librerías de uso común entre las aplicaciones.
Contiene los recursos estáticos administrados por las aplicaciones. Pueden ser: imágenes, videos, documentos, etc.
Contiene archivos que almacenan los datos que personalizan el sitio. Algunos de estos datos pueden ser: configuraciones, traducciones, logs, temas, caché, temporales, etc.
Contiene las librerías cargadas con composer.
Archivo con las configuraciones para inicializar el sistema.
Un modelo de archivo de configuraciones del servidor, sirve, por ejemplo, para activar el módulo mod_rewrite y reescribir las url. Para ponerlo en funcionamiento, debe renombrarlo colocándole un punto al comienzo.
Archivo único de acceso a los recursos dinámicos.
La licencia para el uso de este software.