Contiene todos los archivos propios de una aplicación, vale decir, no compartidos con otras aplicaciones. Estos archivos serán reemplazados en cada actualización.
Dentro de la carpeta de app/ cada extensión tendrá su propia carpeta. Esta es una imagen de app/ al momento de instalar el CMS:
Mirando dentro de una carpeta en particular
Ahora bien, en cada carpeta de app/ se encuentran los archivos que forman parte de la aplicación. Todos los archivos estarán ordenados con patrones de diseños predefinidos.
A continuación, a modo de ejemplo, mostramos el contenido de la carpeta app/settings/:
En general, las carpetas describen el contenido de las mismas y sólo los controladores se encuentran en la raíz.